第四处地区位于古耶利哥八哩半的地方，内藏约四十卷由撒玛利亚人留下的古卷，大多数是受损严重。亚历山大大帝在主前331 年，曾于此大量屠杀撒玛利亚人。文献多属法律文件，全部用亚兰文写，只有封印是用古希伯来文。它们是巴勒斯坦地最早期，也是最大量的纸草文献，对历史家的价值极大。
第五处地方是马撒达（Masade），有一卷用希伯来文写的传道书（约成於主前75年），和部分的诗篇、利未记和创世记；还有一卷《安息日献祭之歌》（Scroll of the Songs of Sabbath Sacrifice），很可能是出自爱色尼派之手，同样的书卷在四号洞穴也有发现。
整理
发现《死海古卷》之后，有不少书刊陆续出版，让世界各地的学者有机会读到初步发现的资料。可是，要看到成千上万来自4号洞穴的残篇，就困难得多了。这些残篇由东耶路撒冷（当时属于约旦）巴勒斯坦考古博物馆的一小群国际学者负责保管。这个考古队里并没有任何犹太或以色列学者。考古队的政策是，官方未公布研究结果，就不准任何人查看书卷。考古队的人数也保持有限的数目。每逢一个队员去世，只可让另一个学者加入去取代他。这个考古队其实需要多些学者才能应付庞大的工作量。有些时候，他们还需要更多精通古希伯来语和阿拉米语的专家才行。詹姆斯·范德卡说：“八个专家，不管多高明，根本应付不了成千上万的残篇。”
在1967年爆发的“六日战争”，以色列夺得了东耶路撒冷，于是书卷归以色列监管；但没有人给书卷的研究小组制定任何不同的政策。发行4号洞穴书卷的事起初耽延了几年，后来更耽延了几十年。有些学者对此表示强烈不满。1977年，牛津大学的盖佐·韦尔迈什教授把这宗事件称为20世纪学术界的最大丑闻。当时开始有传闻说，天主教会故意隐瞒真相，不愿透露书卷中对教会不利的资料。
1980和1990年间，研究队的人数终于增至20个学者。到1990年，在新委任的总编辑，耶路撒冷希伯来大学的伊曼纽尔·托夫领导下，研究队的成员增至50多位学者。他们定下严格的时间表，要把剩下的抄本，连同学者的详细评论和修订，全部付梓。1991年，事情有了意想不到的真正突破。首先，《未发表的死海书卷初版》正式印行。这本书是根据研究队的圣经语词索引，在电脑支援下编成的。接着，美国加利福尼亚州圣马力诺的亨廷顿图书馆宣布，他们愿意向任何学者提供整套书卷的图片。不久，《死海书卷摹本》面世，书中图文并茂，以往没有发表的书卷人们都能够一一读到。
因此在1990年代，《死海书卷》已全部印行，可以供人查证。研究清楚表明，没有人企图隐瞒事实，也没有任何书卷被人藏起来。这些书卷的正式版本全部发行后，全面的分析才能开始。
考证
各种用来确定古代文献年代的方法显示，这些书卷是在公元前3世纪至公元前1世纪抄成或撰写的。有些学者认为这些书卷是圣殿在公元70年遭受毁灭之前，耶路撒冷的犹太人把它们藏在洞里。可是，大部分研究这些书卷的学者却认为，这个看法与书卷本身的内容并不一致。许多书卷所反映的观点和习俗，都与耶路撒冷宗教权威的看法大相径庭。这些书卷透露，有一群人相信，上帝已经弃绝了耶路撒冷的祭司和圣殿职事，并认为他把这群人在荒漠所作的崇拜，视为取代了圣殿崇拜的安排。耶路撒冷圣殿看来不大可能把这样的书卷收藏起来。
虽然库姆兰（即上文昆兰）很可能有一群抄经士，但许多书卷大概是信徒从别的地方收集得来，然后带到这里的。从某个意义上说来，死海古卷是个范围广泛的书库。像其他书库一样，死海古卷可能包括各种各色的思想，不一定全都反映读者本身的宗教观点。不过，有些书卷有多份抄本，这件事很可能把这个教派的信仰和格外关注的事反映出来。
库姆兰的居民的宗派
苏肯尼克教授曾在1947年为耶路撒冷的希伯来大学取得三份书卷，他是主张书卷曾属艾赛尼派社区的头一个人。
艾赛尼派是个犹太教派。公元1世纪的作家约瑟夫斯、亚历山大的斐洛和老普林尼都提及过这个教派。至于艾赛尼派的确实起源，尚未有定论；但可能他们是在公元前2世纪马加比家族反叛之后的一段动乱时期中崛起的。约瑟夫斯曾报道在该段时期有这个教派存在，并仔细论述他们的宗教观点怎样有别于法利赛派和撒都该派。普林尼则提及在死海沿岸，耶利哥和隐·基底之间，有一个艾赛尼派的社区。
