死海古卷更帮人们解决了一些有关新约圣经的教义方面的争执。在死海古卷中，发现了这样一段记述：“律法的工价……被称为义，因你在神面前所做的，是好的，正确的……”，这段话语同保罗在《加拉太书》3章6节极有关联，“正如，亚伯拉罕信神，这就算为他的义”。并坚持“没有一个人靠着律法在神面前称义”。在死海古卷发现之前，许多学者认为，保罗的这段教导好像是无的放矢，在对空气打拳——在犹太历史上，有谁认真地坚持要靠“行律法称义”呢？为了让人能信，保罗攻击了一个看起来不存在，或不堪一击的敌人。已没有人这么说了。古卷让人们看到保罗是有的放矢，是在与当时犹太信仰中的一些错误论点争战。
当然，古卷中也有一些与现今所有的旧约经卷不同的内容。比如，尽管《诗篇》的主要内容，与现今的没有大的出入，但古卷中有多种的排序，而且，古卷还收藏了一些圣经所没有的诗篇。还有，古卷的《但以理书》有两个版本，一个版本与我们如今所读的类似，只在小的地方上，有一些经文的顺序不同。而另一个版本，却省略了相当的一部份内容。但这些都不能让人们失去对旧约圣经的保存者——玛所拉人的敬意。由于他们的努力，人们知道我们现今所读的这本“书中之书”，与主耶稣基督在两千年前所读的旧约圣经，是如此的接近。在可考证的两千年中，圣经是如此的被忠实，准确的保存，这是任何其它所谓的启示文学和圣典的著作所无法相比的。如今，当人们阅读并学习这本有史以来最伟大的文学著作时，不能不怀着感恩的心向人们的神，圣经的终极作者与维护者，献上深深的敬拜。
要了解死海古卷的意义，必须知道近百年来欧美对圣经批判的历史。自从十五、六世纪文艺复兴之后，基督教就面对了一连串的批判。文艺复兴的开始，与十字军东征有密切关系。当初教皇鼓励十字军东征，主要的动机是希望消灭政敌、减少内部的冲突。十字军东征，确实达成了消灭军阀的目的。许多有名的将军，再也没有回来。
教皇确实利用这一个运动，重振了教廷的权威。但是那回欧洲的十字军，却带回来巨大的改变。为什么少数十字军，带来这么大的改变呢？原来欧洲自从西罗马帝国因为黑死病和北方蛮族的侵略崩溃后，教廷因为各地有教堂，在无政府的社会里，自然的取代了西罗马帝国，成为欧洲唯一有组织的政府。但是可悲的是，从前罗马帝国争夺帝位的坏传统，也自然的被教廷承袭下来。这个坏传统，自从凯撒起，就一直绵延不断。每次新皇帝只有一种方法产生：就是老皇帝被谋杀，诸将军互相拼斗，得胜的强者继任帝位。
于是教廷内部就充满了争夺教皇的黑暗手段。任何组织一旦和政治挂钩，就容易腐败。教廷也不例外。于是就把欧洲带进黑暗时期。这些使用阴谋夺权成功的教皇，怎么肯让外界认识真相？所以从那时起，就把解释圣经的权力，统一归到教皇的手中。任何人不得解释圣经。并且除了钦定的教士，任何人不准阅读圣经。这个规定，一直沿继到一九六六年，才在第二次梵蒂冈议中给废除。十字军东征回来的人，却曾经去过教皇过去权力不及的偏远地区。在那里，人们仍然保持了基督信仰的传统。
圣经更是活活的成为基督徒信仰的中心。这些不受教皇统治的旧信息，带给欧洲人相当大的鼓舞。他们开始质疑教皇的权威。连教内部都不能不起来改革。于是有了马丁路德，成立了抗罗宗。他的成功，一方面是由于德国贵族希望摆脱教皇的控制。一方面得力于他对圣经的解释和翻译。忽然之间，圣经又成为大众都可以阅读的书籍。里面记载的许多事迹，再度成为大众争论和相信的目标。
当时教外的大众，发现圣经里有不可置信的预言。这些应验，是历年来基督信仰的中心。好比基督要生在那里，基督要怎样受难，他的内衣要被人抽签、他要被人钉十字架、他胸口要流出水和血、等等。这些应验，都让世人无法反驳。而更希奇的是但以理书。这也是历世历代争论最多的一卷圣经。因为里面不但说到耶稣的受难，还预言了耶稣以后几百年的历史发展。例如但以理书第二章的金像，提到两只铁腿。按照但以理书的解释，这代表罗马帝国后来要分裂。然而罗马帝国分裂，是耶稣之后三百三十年的事。康士坦丁大帝，毅然决定把君士坦丁堡建成他在土耳其的基地。而把西罗马交给他的手下管理。 但以理是耶稣之前七百多年的人物。他怎么可能知道罗马帝国要分裂？这是不是只是解经学者弄的玄虚？只是玩弄文字的结果？当然，圣经已经成为一本公开的书，任何人都可以进去自己研究。社对这种批判圣经的理论，无法接受。何况但以理书不只有第二章提到欧洲将要分裂成两大帝国。到了第八、九章，更细数从玛代波斯起，经过亚力山大大帝、希腊帝国、分裂成个区：波斯、中东、罗马、埃及。而8：21预言了亚力山大大帝要英年早逝。8：9又用以色列作为坐标，指出了以色列国西北方的势力，要得到最后的胜利。这就清楚预言了罗马帝国的兴起。
