研究死海古卷的学者詹姆斯·范德卡认为“住在库姆兰的艾赛尼派信徒只是规模较大的艾赛尼派运动的一小部分而已”。约瑟夫斯估计他们的数目约莫有四千人。虽然并非完全符合历史家所描述的一切细节，艾赛尼派却比当时任何犹太团体更吻合库姆兰经书所显示的形像。
有些人声称基督教是在库姆兰崛起的。可是，库姆兰的教派跟早期基督徒有很多显著的分别。在库姆兰发现的著作透露，这个教派恪守极严格的安息日规条，也要求人严守礼仪上的洁净，而且几乎达到狂热的地步。艾赛尼派信徒与世隔绝，相信命运和灵魂不死的道理，强调保持独身，倡导与天使一同崇拜的神秘见解。这件事表明他们的主张，跟耶稣和早期基督徒的教训大相径庭。
评价
古卷的发现，解决了许多以前学术界，在旧约经文上的争议。比如在《诗篇》22章16节中，大部分圣经译者选用七十士译本的翻译“他们扎了我的手和脚”。但从马所拉译本的直译是“我的手和脚像狮子一样”。在1999年7月发表的有关死海古卷的文章中，福林特博士，死海古卷学院的负责人，向我们证实了从死海古卷中可知，“扎了”的翻译的确更接近原文。推翻了“‘扎了’是基督教为了宣扬教义而误译”的说法。说明现代圣经的翻译是正确的。 由于《约翰福音》和保罗书信的写作风格和思想特色，被指为受了诺斯底派的影响，一度被人视为第二世纪的作品。然而同样的风格和特色却出现于死海古卷的作品中，由此可见《约翰福音》和保罗书信像死海古卷一样，同属第一世纪的著作，也同样忠实地反映出使徒约翰以及初期教会所处的社会面貌。此外，《希伯来书》和《启示录》也因着比对《死海古卷》的相关资料来确定成书时期，两者都不迟于公元70年。
尤其值得一提的是，《死海古卷》中的旧约抄本，为新约经文提供了准确翻译的依据。例如《使徒行传》7：14中所提到的雅各全家下埃及的共七十五人，与《创世记》46：27中所记的七十人有出入。根据《死海古卷》的《创世记》抄本所记，原来也是七十五人。由此发现司提反所引述自古抄本的是正确的。后期的《创世记》提到的是约数七十人。又如《马太福音》虚心的人一向解作卑微穷乏的人（the poor in spirit），从古卷发现其实所指的是忠于上主的人，与心硬的人相反。
死海古卷还帮助我们回答了许多新约经文上的争议。在《马太福音》11章4-6节中，当施洗约翰差遣他的门徒去问耶稣是不是那弥赛亚的时候，耶稣的回答看起来好像引用了《以赛亚书》28章和61章的文字，就是“瞎子看见，瘸子行走，长大麻疯的洁净，聋子听见，死人复活，穷人有福音传给他们”。这其中，“死人复活”这几个字，在旧约经卷中并没有出现。但在死海古卷中的一卷《以赛亚书》中，这句话却确实出现了。更重要的是，在古卷中这段话的上下文，就是在形容当弥赛亚来到的时候，他所行的奇异作为，以及关于全地都要服从他的情景。这段经文证明了耶稣虽然没有直说“我就是”，但他的回答所引用的经文，在告诉施洗约翰和他的门徒，“是的，我就是那弥赛亚”。 死海古卷让我们更加清楚地了解新约圣经中的福音书。在很长的一段时间内，《约翰福音》被认为是受了希腊文化的影响，导致其与其它福音书相比，缺乏希伯来文化的思想与表达。其中一个很重要的原因，是约翰多次用对比光与黑暗的方式，谈神的完全与人的罪同在人里头。比如第一章4、5节中，当约翰谈到神是那生命的时候，说道：“这生命就是人的光。光照在黑暗里，黑暗却不接受光。”这种写作的手法，在以往发现的希伯来文献中未出现过，却普遍见于同时代的希腊文献中。令人惊讶的是，在死海古卷的希伯来文的宗教书卷中，这种光与黑暗对比的写法却比比皆是，尤其是用来形容人的罪与神的圣洁的时候。于是，从昆兰小区的古卷中，学者们证实了《约翰福音》其实是所有福音书中最犹太化的书卷。
与此类似，在《路加福音》中，当上帝派天使向马利亚宣告，有一子会从圣灵而生，要起名叫耶稣的时候，说到“他要为大，称为至高者的儿子。……至高者的能力要荫庇你。因此所要生的圣者，必称为神的儿子”。在死海古卷发现之前，并没有任何希伯来文的著述用过，“至高者的儿子”、“神的儿子”这两个词。许多学者认为，这是路加从其它文化中借用来的名词。但是，在古卷的一张碎片上，记载了这样的一段话：“将要在地面上为大，（王啊，世人都要和平相处），并服侍他，他将被称为伟大王的儿子，他的名被高举为王的儿子，他们会称他为至高者的儿子……”从这里，我们可以清楚地看到这两个词从犹太文化中的遗传。而这张古卷的碎片的文字是亚兰文，正是人们认为耶稣与他的门徒所说的语言，而不是希腊文。
