1、质量差别
棚改房往往建设利润有限制，所以建筑商只能以偷工减料来增加利润。加上部分职能部门的监管不力，造成一些棚改房的质量不如商品房。当然也有比较负责的示范工程，质量相对较好的棚改房，但并不多。
2、产权
许多的棚改房并不是完全产权，即有完全的房屋所有权，却未必有完全土地使用权。因为很多棚改房的土地性质是划拨地，没有缴纳土地出让金。而商品房则是完全产权，缴纳了土地出让金。因此棚改房再次交易时，可能会被要求补缴土地出让金。
3、交易时间受限
不少棚改房交易时间都有限制，即规定时间内不得上市转售。而商品房没有这些规定，只要是您买到已经办理过登记的现房，就可以上市交易。
4、上市交易
棚改房的土地是划拨的，因此与购买的正常商品房是有区别的。但棚改房若进行了产权登记并取得房屋所有权证，就可以进行上市交易。所以要看开发商是否对棚改房进行产权登记。
5、使用用途
棚改房指因城市规划、土地开发等原因进行拆迁，而安置给被拆迁人或承租人居住使用的房屋。因为其安置对象是特定的，所以该类房屋的买卖除受法律、法规的规范外，还会受到当地政府相关的地方政策的约束。
6、享有的权利
商品房的买家一般享有该房屋的全部所有权包括占有、使用、收益、处分。买家可以将此房屋依法转让、出租、抵押、赠与以及继承，甚至可以依法出典。这是因为买家依法取得了该房屋的所在位置的土地使用权以及土地上坐落房屋的所有权。商品房于其他类型的房屋相比，在价格上要高出许多，因此买家对其享有的权利也相应的全面。
