目前农村环境治理的一个难题就是如何处理农村自建房厕所污水，本身农村如何处理厕所污水并不难以解决，难以解决的是农村厕所污水的收集问题，和农村厕所建设问题。目前，据了解，农村厕所大部分为旱厕，大部分农村依旧没有污水收集管网，这也是造成农村厕所废水难以集中处理的原因。
目前最为常见公厕污水处理方法主要有四种。
一、厌氧处理法
厌氧处理是现在最常规的公厕污水处理方法，这种方法的优点就是投资少，运行费用低，节约成本，而且操作十分简单;但也存在缺点，他的占地面积很大，处理效果比较低，对于北方地区使用效果较差。
二、好氧处理法
如果在好氧处理规模较小时,我们可以只做最终稀释后曝气、沉淀;如果是中等以上规模，就要经过前处理和二次稀释后，才可以按标准活性污泥法来处理。其中的二次处理就是刚刚所说的厌氧处理。好氧发酵的速度很快，但它的缺点是需要大容量的消化槽。同时在厕所污水处理过程中需要大量氧气，因此要消耗能量大。
三、化学法
采用化学法就是在粪便中加入适量化学药剂，使粪便发生絮凝作用，并通过沉淀分离成液体和脱水污泥。采用这种处理法的话，在较短的时间内，厕所的粪便就可以形成固态液态分离的状态。但它也有弊端，它的操作非常复杂，机械设备数量也比较多。另外，它的基建费及日常运行管理费用也比其它几个方法要多。
四、高温高压处理法
在高温高压的环境下，粪便中所含的有机物要六十分钟氧化分解，而且中间不能中断，才可以达到较好的处理效果。这种方法的关键在于反应塔的设计，它的容量不是固定的，是需要根据粪便的发热量、氧化的程度、以及它的反应速度三个方面共同来确定的。
一般情况，农村自建房厕所是将污水直接排在户外，会对环境产生影响，而且长期将厕所污水排放到户外土壤中，将会污染人们平时喝的地下水，因此，要对农村自建房厕所污水进行处理，让它的指标可以达到国家户外污水的排放要求，这样就能改善了农村条件，还保护了环境。
