（1）建筑工程预算缺乏完备的定额体系。预算管理中完备定额体系的缺乏，致使企业在进行预算编制时，经常性地遇到对定额的借用状况。很多时候，企业明知其施工环境不同，施工水平不统一，但仍然借助一个定额标准进行预算的编写。
（2）建筑工程预算管理工作缺乏有效组织，综合性不足。当前国内的建筑工程预算管理工作中普遍存在着有效管理组织的缺乏。调查表明，目前，在国内大多数中小型建筑企业内部，具备足够管理能力的高素质人才十分缺乏。缺乏综合管理力度，主要因为工程设计方和施工方两者间未能做到充分有效的交流与沟通。
（3）支出预算不合理。在很多工程管理中，人们对于常规性的费用没有作出明确规定，在场地费、人员薪资等方面常常出现管理混乱的情况。一个典型的例子就是很多建设项目分时段雇佣建筑工，规定的工资额度出现差异，导致预算管理混乱，在结算时极易产生纠纷。近年来频频出现的农民工讨工资的现象，诚然与施工方的不守法有关，但预算管理的不足仍是其中一个诱因。
（4）预算调整不及时。在工程管理中，各项费用并不是一成不变的，建材价格的浮动尤其突出。比如某座商贸大厦在建筑过程中，恰逢建材市场出现波动，钢筋混凝土的价格上涨了5%，这时预算管理人员就需要及时调整预算，将钢筋混凝土的价格在预算文件中上调5%。
（5）执行预算后，未能充分利用反馈信息。在工程管理中，人们常常忽视了对反馈信息的利用，在预算执行后，想当然地认为工作已经告一段落，致使对工作的分析总结不足，为以后的工作带来隐患。进行工程经济预算管理，人们需要不断收集反馈信息，探索预算的执行力度、预算的优点与缺陷，以便在下一次的施工过程中作出更好的预算编写与管理。
