和田玉是接触交代型矿床，但是形成条件极为严格，成矿不易，它与超镁铁岩闪石玉和蛇纹石玉均不同。超镁铁岩闪石玉，如玛纳斯玉、加拿大玉、新西兰玉等，产在超镁铁岩及其接触带，是交代作用形成，分布较为广泛。蛇纹石玉，在国内外广泛分布，可由超镁铁岩或碳酸盐岩经蚀变和交代形成，资源量很大，这类玉在昆仑山中有时与和田玉共生，被称为“昆仑三”。
和田玉原生矿主要表现为：
主要分布于塔里木板块南缘的隆起带中，出露前寒武纪的变质岩系，并有多个时期的侵入岩体，断裂发育，矿床多分布在大断裂带附近，有成群分布的特点。矿床产于中酸性侵入体与镁质碳酸盐岩的外接触带。镁质碳酸盐岩，主要是白云石大理岩，产于元古界变质岩系中，多为透镜体，岩石中Mg()含量在20%左右，含铁量较低，含铁量从低到高分别形成白玉和青玉。
成矿有关断裂是主断裂的分支断裂，通常是侵入体接触带、岩层层面、断裂剪切面的“三位一体”构造带是成矿最佳部位。围岩蚀变有明显分带性，具有镁矽卡岩的特点，从内带到外带，依次为：帘石化和钾长石化中酸眭侵入岩带一透辉石带一透闪石带—镁橄榄石带～蛇纹石带一白云石大理岩带。矿体主要在透闪石带。
矿体规模不大，矿化带长几百米，最长上千米，宽几十米。在矿化带内有矿脉断续分布，一般长几米到几十米，宽几米。矿脉中可利用的矿体更小，长几米到十几米，宽不到一米。玉石品种以青玉为主，白玉较少。在矿脉中，一般靠近侵入体一侧多为青玉，向外为青白玉、白玉。
