1、产权仅有40年
相比住宅性质用地使用年限有70年，公寓房因类别不同，故而土地使用年限仅为40至50年不等，并且商用公寓土地年限到期后，是需要补高额地价才能继续使用的。
2、管理费、水电费更贵
公寓房和商品房不同，商品房水电收费是按照普通住宅标准的，但公寓房并不算是普通住宅，水电、物业费等收费则是按照商业标准收取的。公寓房每年需要缴纳的费用要高出商品房许多，总费用支出会比较高。
3、购房首付高，转让手续费贵
住宅二手交易一般是可免收土地增值税的，但商用公寓房交易是不能免收的。土地增值税的征收通常是按出让土地增值额的高低实行四级超率累进税率，即按增值额的高低，对增值部分征收30％只60％的税费。此外，还需按物业交易总价征收5.5％的增值税。
4、房贷利率比较高，年限短
虽然商用公寓不受住宅限购令、限贷令影响，但因为是商用性质物业，只能获批五成、最长10年期的贷款，而且不能申请利率较低的公积金房贷。目前，商用项目贷款利率一般为基准利率的1.1倍至1.3倍，而住宅贷款利率多是上浮1.1倍。
5、户型面积小
在通常情况下，公寓房的户型都是面积很小的，大概在50－70平米左右。另外，在户型整体结构易出现不平整，从而导致会在视觉上有压迫感，而且只适合单身和新婚夫妇居住。
6、无法落户，就学难
公寓房存在一个致命的问题，那就是：无法入户。因此，如果以后你有了孩子，那么就学问题就很难解决了，因为购买公寓房是不能迁入户口的。
公寓满四十年后怎么办
当公寓房满40年产权后，需要户主主动申请续期，续期申请通过，并缴纳一定的土地出让金，那么该房子还可以继续使用，是属于你的，若是未自动续期或者是续期审批被驳回，那么房子将不属于你，房子甚至可能要被无偿收回。
