南红玛瑙的裂纹,指肉眼能够看得到的明显裂和强光下才能看得到的内裂和隐裂。在南红玛瑙形成之初,会或多或少的掺杂进一些杂质,有些呈黑点状等等,这种杂色杂质对于收藏级南红玛瑙来说是非常低级,会影响其价值
南红玛瑙的水晶,成品本身带有与南红玛瑙伴生的水晶。玛瑙属于隐晶质宝石,它的六面晶状非常细小,必须通过显微镜才能看得清。不用太在意南红之中是否有水晶,因为这也是南红玛瑙的天然形态之中的一种。
南红玛瑙的矿点,是南红玛瑙原石中常见的一种瑕疵,它指的是南红玛瑙原石中自带的天然黑色杂质,是南红玛瑙在形成的过程中,混入或侵入了黑色的火山岩而形成的,它在南红玛瑙原石中或呈现出钉子般嵌入或为砂砾般散布。
天然南红玛瑙有水线,是比较常见的。少部分人将其看成是南红中的一种瑕疵,但大多数人特别钟爱这些水线,因为他们认为有水线的南红玛瑙质地会更加的细腻致密,所以水线对南红玛瑙的收藏价值有影响,但要看不同情况决定,其中包括雕工等。