天然的南红玛瑙颜色有很多种,像是橙红、大红、粉红色等,色彩也有层次变化,由深到浅,直至无色。而与一般红玛瑙不同的是,南红玛瑙具有红白双色,且纹理清晰。
南红玛瑙质地细腻,与和田玉十分相似,而且它具有一种胶质感,质地通透,这是一般红玛瑙所不具备的特点,一般红玛瑙通体呈红色,质地没有变化,只要用强光手电照射就能观察得到。
南红玛瑙表面具有风化纹,这多是形成时受到外力影响而产生的,而市场上的红玛瑙或是仿冒南红,多是高温烧制染色而成,表面光洁,没有明显的风化纹。
南红玛瑙在制作成饰品时需要打孔,这些孔经过摩擦,时间长久之后内壁会变得十分光滑,而一般红玛瑙的孔眼则不是如此。