南红玛瑙起初因颜色被人们所喜爱，有人听说，火山喷发能形成南红玛瑙，可世界上的火山那么多，为什么偏偏只有中国的几个地方才有南红玛瑙呢?南红玛瑙的形成首先要有能喷发纯净玉髓的火山，这样的条件必须是连续多次喷发，首先喷发的是含杂质比较多的基性岩浆，这种岩浆形成玄武岩，多次喷发后才能喷发出纯净的玉髓。
然后必须有纯净的赤铁矿掺杂，如果那个火山底部附近没有赤铁矿就不能形成红色的玉髓。并且降温过程中温度降低得要快。如果慢慢降温就会形成石英的芯子，不能形成玉髓或南红玛瑙。
矿点
矿点是南红玛瑙原石中常见的一种瑕疵，它指的是南红玛瑙原石中自带的天然黑色杂质，是南红玛瑙在形成的过程中，混入或侵入了黑色的火山岩而形成的，它在南红玛瑙原石中或呈现出钉子般嵌入或为砂砾般散布。如果要全部剔除，恐怕南红玛瑙原料就变得支离破碎了。一般会利用南红玛瑙原石中的矿点进行巧雕。
裂纹
南红玛瑙在形成的过程伴随着剧烈的震动，且南红玛瑙本身的特质就比较脆，缺乏韧性，因而原石的裂纹特别突出。裂纹对南红玛瑙价值的影响，可从裂纹的位置，大小等来综合考量。
水晶
南红玛瑙与水晶从化学成分上来看属于同一种宝石(化学成分都是二氧化硅)。只是在形成的过程中，由于压力与温度的不同，玉化程度好的形成了南红玛瑙，玉化程度不好的形成了水晶。南红玛瑙常常有水晶共生的。
