1、土地性质不同：自建房一般是用的村里的集体土地，商品房用的是国有土地出让地
2、报建审批程序不同：农村是集体所有制土地,你是本村的人,就有土地所有权,村集体同意,国家土地部门备案后,你就可以自建房;商品房则是在开发商拍下土地后,通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房,达到可销售程度后方能上市销售的房子。
3、使用年限不同：商品房住宅的使用年限一般是70年，宅基地的使用权一般是永久的。
4、买卖限制不同：商品房是可以在市场自由交易的，而农村自建房只能卖给同村也就是同一个集体的村民。
商品房和自建房哪个好？
1、房价
在城里买个商品房，有了自己的房子就不需要天天担心房租上涨和搬家的烦恼。可是，买房除了付大笔首付款外，还要每月还贷款。用二、三十年时间还完贷款后，你所还总额可能已经是房价的一倍还多，很耗时。而在老家宅基地上自建房，你可以只花三、四十万就能搞定了 。
2、户型
在城里花巨款买到的房子可能只是个楼层很差，面积很小，已经不剩几十年产权的公寓房，而且户型不一定适合你的家庭情况。而在农村老家宅基地上，你不仅可以建个大别墅，还可以有个像样的院子，这在城市里是很难实现的。
3、升值
很多人认为城里的房子升值快，买房与不买房10年后财富的差别将会很惊人，有了房子，将来老了想回农村养老，房子很快可以变现。但在北上广一线城市里，房子已经是天价很难买的起。而在二三线城市，很多地方因为过度建房，库存难以消化，房价很有可能有下跌。而农村宅基地越来越稀有，其价值也就显而易见了。
4、生活条件
在城里买房最大的好处就是城里教育、医疗条件比农村好。但是价格很高。另外在城市里生活一个最不利的因素就是交通条件很糟糕，到哪儿去都很堵车，没地方停车。买个房子没地方停车，一个停车位的价钱都够在农村建个房子了，而在农村你可以建个车库。
5、生活环境
城市的环境就不多说了，雾霾在短期内恐怕难以攻克。据说，因雾霾致癌的而死亡的人数每年都在增加。在农村青山绿水间，不但空气新鲜，而且吃的瓜果蔬菜也都是最新鲜的，在未来几十年内，中国将处在老龄社会，农村将成为大家争夺的地方。
