1、自建房建造时使用的一般是村里的集体土地，商品房则用的是国有土地出让地。
2、商品房住宅的使用年限一般是7 0年，此外还有40年和50年的情况；而农村的宅基地的使用权一般是永久的。
3、自建房的所有人是建房者自己，而商品房是属于开发商，在售卖并办理完证件后才属于购房者。
4、农村建房经过村集体同意，国家土地部门备案后，就可以自己建房；商品房则是在开发商拍下土地后，通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房，达到可销售程度后方能上市销售的房子。
5、商品房是可以在市场自由交易的，而农村自建房只能卖给同村同一个集体的村民。
自建房能办房产证吗
1、农村已建住房还能不能办理房产证的关键在于房屋的性质。如果是农村集体，也就是我们说的小产权房，那么是不能办理房产证的，建房时国家是没有批准的，所以国家也不会给办理房产证。
2、所以，已建好的农村住房是否还能办理房产证需要具体问题具体分析，其关键在于是否有宅基地使用权证。农村住房也是要领取房屋产权证的，能否领取房屋产权证的关键问题不是户口，而是是否有宅基地使用权证。
3、在我国，很多农村是没有房产证的，只有登记手续。如果是可以办理房产证的，需要在建房前，一般是要先取得批建许可。然后，带土地证和准建证到房管局办理房产证，一般镇政府发的就可以。
办理自建房房产证提供资料
1、自建房房屋产权登记书面申请。
2、自建房房屋产权人身份证及户口簿复印件(审验原件)。
3、集体土地使用证书复印件(审验原件)。
4、建设工程规划许可证复印件(审验原件)。
5、建设用地规划许可证复印件(审验原件)。
6、房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
7、房屋测绘报告及平面图。
