南红玛瑙颜色娇美明亮，这与其内部结构中的朱砂点是分不开的，许多细密的朱砂点组合在一起，形成娇艳美丽的颜色。朱砂点也是鉴别天然南红玛瑙真假的一种方法。
南红玛瑙中的朱砂点：为硫化汞，呈红色，当朱砂点分布细密，大量聚集时就会呈现南红玛瑙现在的红色，且越细密，数量越多就越红艳。比较透一点的料，在白天或光照下，用眼睛直接是可以观察到朱砂点的。
如果是玉质感强透光性差的灯光打不通透的，可以用强光手电在表面上贴近看，一样可以看到一个个颗粒状紧密排列的物质，这个颗粒状的物质就是南红玛瑙中的朱砂，这个是其它玛瑙不具备的特点也是其独有的特点。
由于南红玛瑙形成环境的不同，南红玛瑙中朱砂点的含量也有所不同，才会有了现在南红玛瑙的红色色带。南红玛瑙主要的产地—云南保山与四川凉山，这两个地方产出的南红玛瑙绝大部分都含有朱砂点，并各具特色。
一般凉山九口南红原石产出的南红色泽纯，质地好，所以这个地区南红玛瑙朱砂点一般肉眼是看不到的。但是用放大镜去观察还是很清晰。
保山部分地区和凉山联合产地的南红玛瑙朱砂点就比较明显，一般在光线下照射肉眼都可以看到。像红白料的南红，由于比较透，用肉眼就能看到朱砂点，基本肉眼一扫就能鉴别南红真假。
朱砂点是构成南红色泽的基础，朱砂点的分布影响着南红颜色的好坏，同时也是鉴别南红真假及优劣的一大依据。
