天然南红玛瑙由于其形成环境的特殊性，本身就存在裂纹。它是在地壳运动时产生的，地下的强大压力都会造成它的裂纹或是产生一些其他的杂质等瑕疵，所以说南红玛瑙的裂纹是无法避免的。
有一部分开采出来的南红玛瑙原石带有裂纹，裂纹多多少少都会影响成品南红的价值。一些无良商家为了卖相好看，所以通过浸泡油给遮掩上，但是时间久了原有的裂纹还是会自然会显现出来；另一种就是在后期佩戴或加工不当而造成的，受高温影响南红也是比较容易开裂的。
南红一般裂纹：裂纹主要是呈白色条带状，白色带上会有一些微小的颗粒。如果比较深的裂纹，我们用强光手电对着裂纹照射会有一条白亮色带，这条白色亮带就是裂纹阻止光线并反射而形成的。裂纹对南红玛瑙的影响要由裂纹本身的大小、深浅和多少来决定，如果说裂纹浅而少的，雕刻师一样会和南红玛瑙的黑点一样找到合适的处理方法。
水线和细微裂纹：在南红玛瑙裂纹的鉴别中，最带有迷惑性的是水线和细微裂纹的鉴别，一条细细的水线肉眼观察往往非常能迷惑人，用强光手电照射来鉴别是比较直接的，水线就是一条透明晶体带，它能透光、光线能穿过去，而裂纹光线是穿不过去的。另外观察裂纹用高倍放大镜来观察，水线没有裂纹的那种碎颗粒状，一般透明没杂质。
南红玛瑙的瑕疵里面比较常见的还有棉：这中瑕疵与和田玉里的棉十分类似，所以叫做南红玛瑙的棉，一般呈现出花状或者雾状的居多，范围不大的棉雕刻师同样可以通过精巧的设计使其成为装饰雕件的一部分，但是如果棉的范围太大，那不仅是工匠们拿它没招，也会大大影响其的收藏价格。
天然南红玛瑙南红与其他玉石一样，不可避免会存在裂纹，总归会有瑕疵。但是对于极为细微的瑕疵，通常并不会影响到它的本质，只要恰当的去弥补修饰就好。
对于南红原石中浅表的细小裂纹，一般可以通过打磨的方式来去除，圆珠或雕刻件是不推荐打磨，或者用油擦拭也可以减弱裂纹；但是如果为大裂，通常可以朝裂纹方向下刀切料，以此来尽可能的减少裂纹对品相的影响。
