追求完美自然没有错，但是一味苛求南红玛瑙没有瑕疵，就有点不理性了。南红玛瑙是天然形成的，多多少少会存在些许瑕疵和不完美。比如裂纹是南红玛瑙最为常见的瑕疵，它的确会对品相和价格造成很大的影响。
裂纹：
裂可以说是影响南红玛瑙价值的首要因素之一。裂纹对南红玛瑙的影响要由裂纹本身的大小、深浅和多少来决定，如果说裂纹浅而少的，雕刻师一样会和南红玛瑙的黑点一样找到合适的处理方法，但是如果裂纹又深，又大且还多的话，那么这样的南红玛瑙也很少有比较好的收藏价值。
杂质：
南红玛瑙的形成时因为火山岩浆喷发而成的，在喷发过程中，由于外界的压力和温度变化而形成的玉石品种，其化学成分为二氧化硅。在形成的过程中，火山喷发的火山灰进入到了南红玛瑙或是被南红玛瑙形成时被包裹之中了。就看到了我们现在所说的杂质。
水线：
在南红玛瑙中水线时叫为常见的一种形态，少部分人认为这是一种瑕疵，但是大多数人很喜欢这种瑕疵，因为有水线的南红玛瑙肉质会更加紧密，所以对于水线是不是瑕疵这要看制作过程中，雕刻师们或是加工师门如何去处理。
棉：
南红玛瑙的瑕疵中也有棉这种状态，有呈雾状、花状等(南红之中朱砂分布均匀的不算棉)，如果一块南红料子棉分布范围较广而深，则会成为影响南红玛瑙价值的因素之一。
水晶：
南红玛瑙与水晶从化学成分上来看属于同一种宝石(化学成分都是二氧化硅)。只是在形成的过程中，由于压力与温度的不同，玉化程度好的形成了南红玛瑙，玉化程度不好的形成了水晶。也就是为什么我们见到的南红玛瑙常常有水晶共生的状态了，但是有水晶的南红玛瑙往往润度比较好。
