天然玉石生存在极其复杂的地质环境中形成的，所以或多或少都存在不同的瑕疵，尽管瑕疵的存在将直接影响宝石的质量和价值，但有些瑕疵是对玉石没什么的影响的。
对蓝田玉影响大的瑕疵：
1、蓝田玉玉石在长期复杂的地质环境形成过程中因为外应力的作用而发生的断裂。裂绺一般是先天造成，以内裂纵纹居多，肉眼可见，中间有带色填充物，指甲一般不可刮及，有严重的也有轻微的。
2、原石在搬运过程中受到摔跌，片料在加工过程中受到撞击、成品不小心摔地上而发生的断裂。裂纹一般是后天造成，以外裂横纹居多，肉眼可见、中间没有填充物，指甲可刮及，有些很严重，有些很轻微。
影响较小的瑕疵：
1、蓝田玉玉石多少都具有色泽，色泽有大片的也有小点的。小面积或点状的绿色、红色、黄色，它们的存在可以使整个蓝田玉玉石首饰更漂亮更有特点，称为俏色;小面积或点状的黑色、褐色、灰色等，它们的存在可以使整个蓝田玉玉石首饰更难看更低档，称为杂色;点状的黑色、褐色、灰色等也叫脏点。
2、存在地子里，感觉象树根、筋渣状的杂色物，是蓝田玉玉石在长期复杂的地质环境形成过程中参杂进去的杂质。杂筋是先天造成，肉眼可见，不是裂纹，有严重的也有轻微的。
3、蓝田中常有的比地子的透明度稍差的呈团状物，比较散碎的叫“芦花”，比较干巴块状的叫“石脑”，细碎漂泊的叫“雪花”，状似棉絮的叫“棉花”。
有人认为裂纹才算瑕疵，有人认为石花杂色也算瑕疵。蓝田玉玉石行业内基本认同裂纹、裂绺才算瑕疵。石纹、杂筋、石花、杂色、脏点等如果程度较深足以影响原件的美观就算瑕疵，如果程度较浅对原件的美观没有明显的影响就不算瑕疵。
